Доктор Генри Клей Аллен родился 10 февраля 1836 в деревне Нильстаун, недалеко от Лондона (Онтарио, Канада) в богатой и уважаемой семье. Свое раннее образование Д-р Аллен получил в общих школах и лицеях города Лондона (Канада), по окончании которых он некоторое время преподавал.